Iquique fue conocido como puerto de Tarapacá, Icaiza, Ique-Ique o Nuestra Señora de la Concepción de Ique-que. A inicios del siglo XIX adquiere el nombre de Iquique.
El historiador peruano Rómulo Cúneo Vidal indica que el significado del vocablo Iquique tiene origen aymara, significando "sueño" y "cama", debido a que los habitantes de la precordillera sufrían las consecuencias del cambio de altura entre aldea y puerto que los obligaba a dormir. Tambien puede referirse a que gran cantidad de lobos marinos y aves descansan en las rocas y por ello la relacion con el significado aymara como "acto de soñar o descansar".
Hace más de cuatro mil años, tribus nómades y semisedentarias se asentaron desde la playa El Colorado, por el norte, hasta El Molle, por el sur. En Bajo Molle se han constatado ocupaciones de más de cuatro mil años de antigüedad. En el centro de Iquique se han encontrado vestigios claros de presencia del hombre hace más de mil años. En Playa Brava y Cavancha se ha constatado la presencia de grupos nómades que aprovechaban las aguas provenientes de aguadas del lugar. En la llamada "Aguada de Iquique" se ha encontrado un cementerio prehispánico afiliado a etapas agroalfareras tardías (1200-1500 d.C.). Otros asentamientos precolombinos, de posterior data, han sido ubicados en las afueras de Iquique.
Antes de la conquista española, Iquique fue dominada primero por los señores de Chucuito y luego por los quechuas quienes lo incorporaron al Imperio Inca.
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