Era hijo de un noble español, Don Juan de Porres y de una muchacha mulata, Ana Velazquez, de Panamá que residía en Lima. Martín fue bautizado en la Iglesia de San Sebastián, en la misma pila bautismal en que siete años más tarde lo sería Santa Rosa de Lima. Lo curioso de su bautismo, es que fue también un santo quien lo bautizó: el Arzobispo Santo Toribio de Mogrovejo.
Desde niño, fue muy generoso con los pobres, a los que daba parte del dinero cuando iba de compras o lo que ahorraba. Visitaba muy frecuentemente el templo con su madre. Cuando su padre, Gobernador de Panamá, lo reconoció a él y a su hermana, fueron a vivir juntos al Ecuador. Aprendió el oficio de barbero, el de cirujano y medicina general llegando a ser reconocido y admirado por su dominio en estas labores. Por el día, trabajaba. Por la noche, se dedicaba a la oración, casi al igual que Santa Rosa de Lima.
En 1594, entró como en la Orden de Santo Domingo de Guzmán bajo la categoría de "donado" al ser hijo ilegítimo, en el convento del Rosario de Lima. Convirtió el convento en un hospital. Recogía enfermos y heridos por las calles y los llevaba al convento. Algunos religiosos protestaron, pues infringía la clausura y la paz.
"La caridad está por encima de la clausura", contestaba Martín siempre que sus colegas le requintaban. También fundó el Asilo de Santa Cruz para cuidar ahí de niñas y niños.
En 1603 le fue concedida la profesión religiosa y pronunció los votos de pobreza, obediencia y castidad. Es muy probable que haya conocido a Santa Rosa de Lima aunque no hay algún sustento de lo que puedan haber conversado durante sus encuentros.
Lo que más se recuerda en la Ciudad de Lima son sus numerosos milagros. A veces se trataba de curaciones instantáneas, en otras bastaba tan sólo su presencia para que el enfermo desahuciado iniciara un sorprendente y firme proceso de recuperación. Muchos lo vieron entrar y salir de recintos estando las puertas cerradas. Todos, grandes señores y hombres sencillos, no tardaban en recurrir al socorro del santo mulato: "yo te curo, Dios te sana" decía San Martín. Sin moverse de Lima, fue visto sin embargo en China y en Japón animando a los misioneros que estaban desanimados.
A la edad de 60 años, Fray Martín de Porres, cae enfermo sabiendo que ya era hora de encontrarse con el Señor. La noticia se expandió rápido por toda la Ciudad de los Reyes con lo que todo el pueblo estuvo conmovido y todos en la calle lloraban. Tal era la veneración hacia este mulato, que el mismísimo Virrey Luis Jerónimo Hernández de Cabrera, Conde de Chinchón, fue a besarle la mano cuando se encontraba en su lecho de muerte. Sufrió ataques del demonio, pero sintió el consuelo y compañía de la Virgen quien según él, estaba a su lado mientras agonizaba.
El 3 de noviembre de 1639 fallece en la Ciudad de los Reyes, capital del Virreinato del Perú. Su muerte causó aún más conmoción en la ciudad. Gregorio XVI lo declaró Beato el 1837. El Santo de la Escoba fue canonizado por el Papa Juan XXIII en 1962.
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